水質指標的調查、監測分析已經逐步使用自動測試系統。該系統一般由采樣裝置，水質連續監測儀器，數據傳輸、記錄及處理幾部分組成，其特點是自動化、儀器化和連續性。目前已采用自動化試系統的有：水溫、Ph、電導率、氧化還原電位、混濁度、懸浮物、溶解氧、COD、TOC、TOD、某些金屬離子、等等。

自動測試系統可避免人工采樣所得數據的不全面性，大大縮短采樣分析到獲得結果之間的時間。但自動測試系統也有局限性，不能對大部分指標逐一單項進行測定，因為水質化學組成（尤其是污染物）復雜，組分價態、形態多變，干擾嚴重，需要一系列的化學預處理操作和各種高靈敏度的檢測方法。